Прорив у вивченні ВІЛ досягнутий завдяки графічних прискорювачів NVIDIA

Дослідники з Університету Іллінойсу визначили структуру білкової оболонки ВІЛ за допомогою першого атомарного моделювання насуперкомпьютереBlueWaters. СуперкомпьютерСгауХК7,заснований на 3000 найпотужніших та найефективніших у світі прискорювачах NVIDIATeslaK20X, надав ученим обчислювальну потужність для проведення самого великого моделювання, що включає 64 мільйони атомів.

Жодна з існуючих ліків проти ВІЛ не передбачає вплив на білкову оболонку. Однак поява даних по її структурі може допомогти у створенні нових більш ефективних засобів проти вірусу, який вбив за останні 30 років приблизно 25 млн людей і заразившего ще 34 млн, за даними на 2011 рік.

Найбільша атомна моделювання,що включає 64 мільйони атомів, проводилося за допомогою одного з найшвидших суперкомп'ютерів Blue Waters (створений компанією Cray), загальний продуктивність якого оцінюється в 11,61 петафлопс. Причому 60% потужності забезпечують 45 280 процесорів AMD Opteron 6276 @2,3 ГГц (Interlagos) з 8 ядрами Bulldozer, а решта 40% - ще 3072 процесора і стільки ж прискорювачів NVIDIA Tesla K20X, заснованих на ядрі GK110 з архітектурою Kepler.

«Ми перейшли на графічні прискорювачі більше п'яти років тому, і вони значно прискорили темп наших досліджень», - зазначив Клаус Шультен (Klaus Schulten), професор фізики в Університеті Іллінойсу.

З планованим збільшенням кількості GPU в системі Blue Waters вчені планують розширити кількість проведених симуляцій, щоб поглибити відомості про структуру і поведінку білкової оболонки ВІЛ.

«Графічні процесори допомагають розсувати рамки наукових відкриттів і вирішувати найскладніші завдання, заглядаючи всередину найбільш складних систем», - з гордістю відзначає Суміт Гупта (Sumit Gupta), директор з обчислювальним рішень на базі Tesla в NVIDIA.